Für die akademische Ausbildung vieler Studierenden der Fakultät für Lebenswissenschaften ist der Botanische Garten ein zentraler Punkt und erbringt wichtige Dienstleistungen. Daneben erbringt der Botanische Garten aber auch Leistungen für die Lehre in den Fakultäten für Physik und Geowissenschaften, Medizin und Veterinärmedizin.
In der Lehre werden die Sammlungen des Botanischen Gartens in insgesamt neun Modulen eingesetzt. Als Anzuchten sind hier vor allem das Material für Bestimmungskurse (Systematische Botanik und Pflanzenökologie) und für Gewächshausexperimente innerhalb der ökologischen Kurse zu nennen (Einführung in die Ökologie, Biodiversität und Ökosystemfunktionen, Tropenökologie).
Die Pflanzen des Sammlungsbestandes werden als Demonstrationsmaterial in Vorlesungen verwendet, als Material für die Messungen von Pflanzeneigenschaften (Funktionelle Biodiversität der Pflanzen) oder dienen vielfältigen Lehrveranstaltungen im Rahmen von Führungen oder zum Selbststudium. So nutzen die Studierenden beispielsweise das System für die Prüfungsvorbereitung im Grundkurs Systematische Botanik und Pflanzenökologie.
Die Sammlungen der Gift- und Heilpflanzen (auch des Apothekergartens) dienen der Lehre in die Medizin und die Veterinärmedizin. Essentiell sind die außereuropäischen Familien im Gewächshausbereich für die Kurse Tropenökologie, Vegetationsökologie und Pflanzengeographie.